ОЗВУЧИТЬ
Биоинформатика

Программа направлена на получение основополагающих знаний и практических навыков по биоинформатике (методы, алгоритмы, компьютерные программы, интернет ресурсы с биоинформатическими данными); изучение и формирование навыков работы с языками программирования R и Python в решении задач биоинформатики (знакомство с синтаксисом и семантикой языков программирования, написание программ для обработки биоинформатических данных); изучение и формирование навыков работы в операционной системе Linux и вычислительном кластере (организация файловой системы, права доступа работа, переменные окружения, программирование в bash, редактирование файлов с текстовыми таблицами, перенаправление ввода-вывода, по-строение pipeline); формирование навыков работы c основными программами, используемыми при анализе NGS данных (DNA-Seq, RNA-Seq, бисульфитное секвенирование, ChIP-Seq).

Цель освоения программы — получение базовых знаний в области основных методов и ресурсов биоинформатики, анализа биоинформатических данных; изучение и получения практических навыков по решению биоинформатических задач с использованием языков программирования R и Python, а также анализу NGS данных).

Программа содержит 10 лекций и 3 двух часовых и 59 четырехчасовых практических занятий на персональных компьютерах, подключенных к сети Интернет.

  • Готовность к проведению научно-исследовательских работ в области биоинформатики и использованию языков программирования R и Python в решении практических биоинформатических задач, а также проведению анализа NGS данных в операционной системе Linux.
  • Знание основных методы, алгоритмов и источников данных биоинформатики, синтаксис и семантику языков программирования R и Python, виды данных, получаемые при секвенировании, основные форматы файлов, применяемых в NGS, принципы использования данных, полученных в исследованиях с использованием NGS, а так-же основные алгоритмы и программы, используемые для работы с данными секвенирования.
  • Умение использовать основные методы, алгоритмы и источники данных биоинформатики,  программные инструменты для проведения анализа NGS данных, проводить подготовку данных с использованием конвейеров (pipelines) при проведении исследований, писать скрипты по обработке биоинформатических данных на языках R и Python, формировать выводы на основе проведенных биоинформатических ис-следований.
  • Владение навыками использования основных биоинформатических ресурсов данных, написания скриптов по обработке биомедицинских данных на языках R и Python, работы в операционной системе Linux, а также работы с программами используемыми для анализа геномных, транскриптомных и эпигеномных NGS данных, включая оценку качества, выравнивания на референсный геном, поиска вариаций и их аннотирования.